Auf den Schienen ist Wernigerode mit der Deutschen Bundesbahn oder den Zügen der Abellio GmbH gut zu erreichen. An der Strecke Hannover-Hildesheim-Goslar-Wernigerode-Halberstadt-Aschersleben-Halle(Saale)-Leipzig gelegen, kann Wernigerode bequem mit der Bahn erreicht werden. Mit einer direkten und schnellen Zugverbindung aus Berlin (Harz-Berlin-Express), via Magdeburg und Halberstadt ist aus dieser Richtung ebenfalls eine gute Anreise an Wochenenden und Feiertagen möglich.
Bahnlinien die von Wernigerode angefahren werden:
315 Magdeburg - Halberstadt (Umstieg nach Wernigerode) - Quedlinburg - Thale
330 Regionalexpress Goslar - Wernigerode - Halle (Saale)/Leipzig
Harz-Berlin-Express
Direkte und schnelle Zugverbindung von Berlin in den Harz